Praėjus vos kelioms dienoms po Molotovo–Ribbentropo pakto pasirašymo, 1939 m. rugpjūčio 31 d. buvęs VSD direktorius Jonas Statkus, analizuodamas tarptautinę padėtį, įspėjo: „Gyvename laiką, kada kiekvienu momentu aukos gali būti iš mūsų pareikalauta.“ Vėliau rudenį Lietuvai leidus įkurti sovietų karines įgulas šalyje ir kuo toliau, tuo stipriau įsiliepsnojant Antrajam pasauliniam karui, Nepriklausomos Lietuvos valstybės viltys blėso ir geso.
LRT.lt pradeda publikuoti Severino Vaitiekaus knygos „Lietuvos žvalgyba XX a. viduryje ir antroje pusėje“ ištraukas.
Istorikas Arvydas Anušauskas, remdamasis Lietuvos kariuomenės Generalinio štabo II skyriaus viršininko pavaduotojo Petro Kirlio parodymais, 1941 m. kovo 21 d. duotais Maskvoje SSRS NKGB tardytojams, rašė, kad 1939 m. buvo mėginama sukurti pasyvios agentūros tinklą (okupacijos atvejui) Lietuvoje, tačiau dėl lėšų stokos sumanymas neįgyvendintas. 1940 m. gegužės pradžioje Lietuvos karinė žvalgyba gavo pirmuosius pranešimus apie SSRS kariuomenės telkimą pasienyje, Eišiškių ir Švenčionių rajonuose. Generalinio štabo II skyriaus Žinių tvarkymo dalies vedėjas pulkininkas leitenantas Kazys Pranckonis gegužės 10–11 d. vizitavo Lietuvos rytinį pasienį ir pats įsitikino, kad gaunamos žinios yra tikslios. Jo pavaldinio, Vilniaus žinių rinkimo punkto vedėjo Broniaus Aušroto teigimu, 1940 m. gegužės 26 d. SSRS baigė telkti kariuomenę prie Lietuvos sienų.
1940 m. birželio 7 d. Maskvoje prasidėjus Lietuvos ministro pirmininko Antano Merkio ir SSRS Liaudies Komisarų Tarybos (LKT) pirmininko Viačeslavo Molotovo susitikimui, Generalinio štabo II skyriaus viršininkas pulkininkas Konstantinas Dulksnys iki 1940 m. birželio 15 d. įsakė sunaikinti visas kariuomenės Generalinio štabo II skyriaus slaptų žinių santraukas nuo 1939 m. rugsėjo 17 d.
Iš LR prezidento A. Smetonos, krašto apsaugos ministro Kazio Musteikio prisiminimų apie paskutines LR dienas žinome, kad valstybės vadovai ir šalies Vyriausybė svarstė diplomatinės tarnybos užsienyje perspektyvas, šalį okupavus SSRS, ir ketino, kol dar gali, skirti papildomų finansinių išteklių tolesnei Lietuvos pasiuntinybių veiklai. Taip pat buvo diskutuojama, kaip vykdyti Maskvos reikalavimus dėl vidaus reikalų ministro Kazio Skučo ir VSD direktoriaus A. Povilaičio, tačiau, atrodo, Lietuvos žvalgybos ir saugumo institucijų bei jų pareigūnų likimas nebuvo ypatingo dėmesio objektas.
Po keliasdešimties metų B. Aušrotas rašė: „Atrodo, kad niekas nebuvo slaptai įspėtas gelbėtis nuo raudonosios pabaisos, net ir man, tiesiogiai dirbusiam prieš bolševikus paskutinius šešis mėnesius, nebuvo leista normaliai išvykti į užsienį, nors tai ir buvo anksčiau tvirtai pažadėta.“
1939 m. Vilniaus sugrįžimo Lietuvai aplinkybes ir sąlygas LR vidaus reikalų ministras K. Skučas vertino kaip Lietuvos okupacijos pradžią, tačiau nei jis pats, nei jam pavaldi ministerija ir VSD sovietinei krašto okupacijai iš anksto nesirengė.
1940 m. birželio 10 d. VSD direktorius A. Povilaitis įsakė sunaikinti agentūrines bylas, bet įsakymas pradėtas vykdyti tik birželio 14 d. Jono Demereckio žiniomis, du paskirti valdininkai atrinktą medžiagą Kaune, centrinės VSD įstaigos rūsyje, degino „specialiai jau statant rūmus pastatytoje krosnyje“. Nors šie asmenys pasislėpė kaime, bet vėliau buvo suimti ir tardomi, be kita ko, norint patikrinti gandų, kad kai kurios bylos ir dokumentai buvę iš anksto supakuoti, hermetiškai uždaryti ir užkasti į žemę, tikrumą. Kas buvo šie VSD valdininkai, J. Demereckis neatskleidė.
Trūkstant išsamių ir tikslių nurodymų, saugumo archyvų naikinimas nevyko sklandžiai. VSP Raseinių rajono viršininko Evaristo Daniušio (Deniušio) teigimu, birželio 14 d. pas juos, grįždamas iš Kauno, užsuko Šiaulių apygardos valstybės saugumo ir kriminalinės policijos agentūros vedėjas Juozas Pakulis, jis įsakė sudeginti saugumo agentų bylas ir jo akivaizdoje tai buvo padaryta. E. Daniušis taip pat liudijo, kad dokumentus ir bylas jis naikino remdamasis VSD direktoriaus A. Povilaičio 1939 m. įsakymu, pagal kurį, jei vokiečių kariuomenė įžengtų į Lietuvą ir tektų trauktis, visa turima medžiaga turėjusi būti sunaikinta. Tačiau VSD Marijampolės apygardos viršininko Jono Kazlausko nuomone, „naikinti bet kokią bylą [...] būtų labai neprotingas darbas“ ir jis griežtai uždraudė taip daryti.
VSD pareigūnai taip pat neturėjo instrukcijų, kaip elgtis okupacijai prasidėjus. Lietuvos prezidentas A. Smetona ir pats A. Povilaitis nematė VSD vadovui kitos išeities, kaip tik pasitraukti į užsienį, tačiau žemesniojo rango VSD pareigūnai laikėsi skirtingų nuostatų: vieni reikalavo likti tarnyboje, kiti ragino bėgti nuo sovietų. Kaip rodo A. Anušausko tyrimai, nebuvo pasirengta organizuotai veikti pogrindžio sąlygomis, nenumatyta, kaip elgtis, jei prasidėtų saugumo pareigūnų ir jų artimųjų persekiojimas. Tiesa, kai kuriuos VSD pareigūnus pavyko apsaugoti nuo gresiančio persekiojimo. Buvęs VSD Ypatingojo skyriaus seklys Juozas Jankauskas, departamente dirbęs kita (Juknevičiaus) pavarde, vėliau prisiminė, kad, prasidėjus okupacijai, jiems buvo pasakyta: „Jūsų visi dokumentai sunaikinti, jūs čia nebuvote niekada, neprisipažinkite. Jūsų veiklos niekas neturėtų sužinoti.“ Iš tiesų, KGB (Komitet gosudarstvennoj bezopasnosti, Valstybės saugumo komitetas) pareigūnams prireikė kelių dešimčių metų, kol sužinojo tikrąją buvusio politinio kalinio biografiją.
Tačiau tokie kaip J. Jankausko apsaugos nuo sovietų persekiojimo atvejai buvo pavieniai. Valstybės saugumo ir kriminalinės policijos Šiaulių apygardos viršininko padėjėjas, apygardos kriminalinės policijos vedėjas Povilas Šilas, praėjus pusei amžiaus nuo sovietinės okupacijos pradžios, prisiminimuose rašė, kad 1940 m. birželio 15 d. rytą į kabinetą jį išsikvietė apygardos viršininkas Ipolitas Januškevičius. Jis pranešė, kad Lietuvos Vyriausybė priėmė SSRS ultimatumą ir kad į Šiaulius bei kitus miestus bus įvesta sovietinė kariuomenė. I. Januškevičius pasakė, kad jis ir kai kurie kiti apygardos darbuotojai skubiai išvyksta į Vokietiją ir gali kartu pasiimti P. Šilą. Pasitraukti galima tik patiems, be šeimos narių. I. Januškevičius informavo, kad visus slaptus dokumentus sunaikino, o kolegas – VSP darbuotojus – įspėjo slėptis. Perėmęs I. Januškevičiaus pareigas, P. Šilas apie gresiantį pavojų pranešė pavaldiems apygardos kriminalinės policijos pareigūnams. Susisiekęs su Kaunu, iš centrinės VSD būstinės gavo patarimą departamento darbuotojams elgtis savo nuožiūra: galima bėgti į Vokietiją, galima slėptis Lietuvoje arba likti darbo vietoje.
O mokytis jau buvo iš ko. 1939 m. kovo 14 d. (likus vienai dienai iki Čekoslovakijos antrosios aneksijos) čarteriniu reisu iš Prahos į Londoną buvo išskraidinta Čekijos karinės žvalgybos vadovybė: II skyriaus viršininkas Františekas Moravecas ir dešimt jo pavaldinių (vadinamasis „Moraveco vienuoliktukas“). Prieš tai į Didžiąją Britaniją per neutralias šalis F. Moravecas pervedė vieną milijoną anglų svarų būsimai žvalgybinei veiklai organizuoti. II skyriaus viršininkas britų pasiuntinybei Prahoje taip pat perdavė saugoti svarbiausius dokumentus. Vėliau jie diplomatiniu paštu buvo pervežti į Angliją. Visa tai sudarė galimybes nuo pirmųjų emigracijos dienų vykdyti žvalgybines operacijas, palaikyti ryšius su agentais. Čekoslovakijos karinės žvalgybos vadovų ir darbuotojų evakuaciją įvykdė Didžiosios Britanijos Slaptosios žvalgybos tarnybos (Secret Intelligence Service, SIS) Prahos stoties vadovas Haroldas Gibsonas. Jo tarnybiniame biure buvo paslėpti ir čekų karinės žvalgybos dokumentai. Pats H. Gibsonas iš Čekoslovakijos evakuotas 1939 m. kovo pabaigoje. (1931–1934 m. jis buvo SIS Baltijos grupės vadovas, rezidavo Rygoje ir buvo atsakingas už SIS veiklos organizavimą Latvijoje ir Lietuvoje.)
Manytina, kad panašių galimybių turėjo ir lietuvių žvalgybos institucijos bei pareigūnai. Prasidėjus Antrajam pasauliniam karui, Didžiosios Britanijos ir Prancūzijos žvalgybų atstovai siekė išplėtoti žvalgybinį bendradarbiavimą su Lietuva prieš Vokietiją ir SSRS. 1940 m. sausio 10 d. Vokietijos Reicho saugumo vyriausiosios valdybos (Reichssicherheitshauptamt, RSHA) III D referentūros vadovai pranešime Vokietijos imperinio saugumo valdybai Lietuvos žvalgybą vertino „kaip labai aktyvią, tuo prilygstančią Sovietų žvalgybai“. A. Anušausko žiniomis, Lietuvos žvalgyba iš tikrųjų turėjo pakankamai informacijos mainams. 1938 m. žvalgybine informacija pradėta keistis ir su Čekoslovakijos žvalgyba. Tuo tikslu II skyriaus viršininkas F. Moravecas pats atvažiuodavo į Kauną, arba į Čekoslovakiją vykdavo K. Dulksnys, P. Kirlys ar K. Pranckonis.
Žinoma, Lietuvos valstybės, jos žvalgybos institucijų ir pareigūnų padėtis 1940 m. nebuvo analogiška 1939 m. Čekoslovakijos situacijai, nes mūsų šalis buvo apsupta dviejų agresorių, kuriuos siejo draugystės ir bendradarbiavimo sutartis. Tačiau žvelgiant iš laiko perspektyvos akivaizdu, jog būta galimybių išsaugoti bent dalį lietuvių žvalgų profesionalų. O kad jie tokie buvo ir kad buvo reikalingi užsienio žvalgyboms, patvirtina ir tas faktas, jog sovietams aneksavus Lietuvą dalis į Vokietiją pasitraukusių buvusių VSD ir Generalinio štabo II skyriaus pareigūnų tęsė žvalgybinę veiklą: bendradarbiavo su karine vokiečių žvalgyba (abveru), veikdami prieš SSRS ir organizuodami pasipriešinimo judėjimą okupuotame krašte. Kita vertus, tai, kad buvę žvalgybos ir saugumo institucijų darbuotojai į kaimyninę valstybę traukėsi chaotiškai, individualiai, paneigia vėlesnius sovietinio režimo kaltinimus, neva Nepriklausomos Lietuvos Vyriausybė ir jos institucijos buvo sudariusios susitarimus su naciais dėl bendradarbiavimo žvalgybos srityje.
SSRS politinė valdžia ir represiniai organai Baltijos šalių okupacijai ruošėsi iš anksto. 1935 m. NKVD (Narodnyj komissariat vnutrennich del, Vidaus reikalų liaudies komisariatas) pradėjo bylas „Forpost“, „Filiory“, „Gedemin“. Jose kaupta informacija apie VSD, Lietuvos kariuomenę, mūsų šalies vidaus ir užsienio padėtį. 1938 m. gegužės mėn. iš Kauno į Maskvą „konsultacijų“ buvo iškviestas sovietinės žvalgybos rezidentas Sergejus Roditelevas. Jam įsakyta parengti analitinę pažymą apie padėtį Lietuvoje. Birželio 9 d. rezidentą priėmė NKVD liaudies komisaras Nikolajus Ježovas; jie drauge svarstė žvalgybines užduotis Lietuvoje. 1938 m. Maskva pareikalavo verbuoti politiškai aktyvią agentūrą, kuri galėtų pakreipti politinius įvykius.
1938 m. SSRS NKVD GUGB (Glavnoje upravlenije gosudarstvennoj bezopasnosti, Vyriausioji valstybės saugumo valdyba) 5-ajame skyriuje, vykdžiusiame užsienio žvalgybą, buvo įsteigtas atskiras, 9-asis Lietuvos, Latvijos ir Estijos poskyris. Tokia struktūra išliko iki sovietinės okupacijos.
1939 m. balandžio mėn. SSRS užsienio žvalgybos rezidentūros Estijoje (1934–1935 m.) ir Latvijoje (1938–1940 m.) vadovui Ivanui Čičiajevui buvo įsakyta su beveik visa rezidentūra atvykti į Maskvą pranešti, kaip vykdomi iškelti uždaviniai. Jis buvo vienas iš nedaugelio sovietų šnipų, kurie išliko gyvi per 1937–1938 m. valymus. Maskvoje SSRS NKVD liaudies komisaras Lavrentijus Berija pranešė, kad su I. Čičiajevu nori susitikti pats SSRS diktatorius – VKP(b) Centro komiteto (CK) generalinis sekretorius Josifas Stalinas. Susitikime dalyvavo ir VKP(b) CK Politinio biuro nariai. Atsisveikindamas V. Molotovas pasakė: „Netrukus atvyksime į svečius“, o J. Stalinas rezidentą įspėjo niekam nesakyti apie būsimą Raudonosios armijos (RA) įvedimą į Latviją ir įsakė nedelsiant išvykti tęsti darbą.
1939 m. spalio mėn. V. Molotovas su SSRS vyriausybės nariais, NKVD, kariuomenės, pasienio apsaugos ir žvalgybos vadovais surengė pasitarimą „Strateginių SSRS interesų apsauga Pabaltijyje“. Be kitų, jame dalyvavo SSRS užsienio žvalgybos viršininkas Pavelas Fitinas, jo pavaduotojas Pavelas Sudoplatovas, vidaus reikalų liaudies komisaro pavaduotojas Vsevolodas Merkulovas, SSRS kariuomenės Generalinio štabo Operacijų departamento viršininkas generolas majoras Aleksandras Vasilevskis, užsienio reikalų liaudies komisaro pavaduotojas V. Potiomkinas, LKT Valstybės planavimo komiteto direktoriaus pavaduotojas Borisovas, karinio jūrų laivyno vado pavaduotojas admirolas Ivanas Isakovas, Vyriausiosios karinės žvalgybos valdybos (Главное разведывательное управление) viršininkas Ivanas Proskurovas.
Pasitarime V. Molotovas informavo, kad SSRS susitarė su Vokietija, jog Pabaltijys esąs „vienas svarbiausių geopolitinių SSRS interesų“. Kartu jis pažymėjo, kad nors vokiečiai iš esmės SSRS pozicijai pritaria, bet Berlynas „niekada nesutiks su kokiais nors kardinaliais socialiniais pokyčiais, kurie pakeistų tų valstybių statusą, jų įėjimą į SSRS sudėtį“. V. Molotovas pabrėžė, kad Kremlius laikosi priešingo požiūrio: geopolitinius SSRS interesus gali apginti ir įtvirtinti tarptautinis proletarinis judėjimas Pabaltijyje. SSRS LKT pirmininkas pareiškė: „[...] sovietinė vadovybė mano, kad geriausias būdas apginti SSRS interesus Pabaltijyje [...] - padėti darbininkų klasei nuversti marionetinius režimus.“
P. Sudoplatovo drauge su sūnumi Anatolijumi parašytuose ir Vakaruose išleistuose atsiminimuose pateikiama daugiau detalių, kaip SSRS vyriausybė ir jai pavaldžios žvalgybos institucijos iš anksto rengėsi Baltijos šalių okupacijai. Esą vėlų 1939 m. rudenį SSRS žvalgybos rezidentūros Švedijoje ir Berlyne pateikė Kremliui naujų žinių, kurių pagrindu SSRS vidaus reikalų liaudies komisaras L. Berija sovietinės žvalgybos vadovams įsakė parengti naują veiksmų Baltijos šalyse planą ir priemones. Siekdamas įgyvendinti SSRS tikslus ir kovoti su Vokietijos įtaka Baltijos valstybėse, NKVD užsienio žvalgybos Nacionalistinių ir emigrantų organizacijų skyrius siūlė panaudoti Lietuvos, Latvijos ir Estijos „rusų ir žydų emigrantų organizacijas“, tačiau tokios priemonės buvo įvertintos kaip nepakankamos.
SSRS NKVD liaudies komisaras surengė dar vieną pasitarimą, kuriame dalyvavo sovietinės žvalgybos užsienyje vadovai. L. Berija pareiškė, jog Europoje vykstančio karo aplinkybėmis žvalgybos užduotys iš esmės pasikeitė, ir, remdamasis anksčiau J. Stalino išsakytais reikalavimais, nurodė, kad „žvalgybos organų operatyviniai darbuotojai turi aktyviai dalyvauti politinėse manipuliacijose ir siekti pasinaudoti užsienio valstybių vadovaujančiųjų sluoksnių vidaus nesutarimais“. Maskvoje rusų kalba išleistuose P. Sudoplatovo atsiminimuose vartojama švelnesnė formuluotė: „turi aktyviai įsitraukti į politines zondavimo operacijas, pasinaudodami bet kokiais užsienio valstybių valdančiųjų sluoksnių vidaus konfliktais“.
L. Berija pabrėžė, kad minėti veiksmai ir priemonės yra „raktas į sėkmę, siekiant nuversti marionetinių valstybių, kurios 1918 m., saugomos vokiečių durtuvų, paskelbė savo nepriklausomybę, vyriausybes“. Pasak P. Sudoplatovo, iš L. Berijos kalbos tapo galutinai aišku, kad SSRS, jos jėgos struktūrų ir slaptųjų tarnybų taikinys yra Baltijos šalys.
SSRS NKVD liaudies komisaras įsakė per tris dienas parengti naują planą ir jo vykdymo priemones, taip pat pareikalavo iškviesti į Maskvą I. Čičiajevą. Dabar šis atvyko kartu su Michailu Vetrovu, kuris Rygoje veikė prisidengęs SSRS pasiuntinio Latvijoje patarėjo pareigomis.
L. Berija ruošė ir įgyvendino ne tik žvalgybinius planus prieš nepriklausomas Baltijos valstybes. 1939 m. spalio 11 d. jis pasirašė įsakymą Nr. 001223. Jame suformuluotos SSRS represinės politikos nuostatos aneksuotų (Lenkijos) ir numatytų aneksuoti valstybių (Lietuvos, Latvijos, Estijos) atžvilgiu, nurodytos persekiotinų ir sunaikintinų žmonių ir organizacijų kategorijos. Pirmiausia turėjo būti represuoti teisėsaugos ir valstybinių įstaigų darbuotojai, policininkai, kovoję su komunistiniu pogrindžiu.
2001 m. paskelbtuose atsiminimuose P. Sudoplatovas pripažino, kad Baltijos valstybių okupacija buvo „daugelio ėjimų sovietinės užsienio politikos pavyzdys“. RA į Lietuvą, Latviją ir Estiją įvesta pagal susitarimus, taikiai ir visiškai saugiai. Pasak P. Sudoplatovo, tokią sėkmę lėmė tai, kad „mes, aktyviai dalyvaujant diplomatijai ir žvalgybai, diktavome tų susitarimų sąlygas“.
Šiaip taip įveikus Suomiją ir pasirašius SSRS ir Suomijos taikos sutartį, Maskva nutarė suaktyvinti savo politiką Lietuvos atžvilgiu. Pirmiausia nuspręsta suaktyvinti ardomąjį pogrindinės Lietuvos bolševikų partijos darbą, oficialiai veikiant per tarptautinį komunistinį judėjimą. 1941 m. kovo 23 d. Kominterno Vykdomojo komiteto sekretoriato rezoliucijoje Lietuvos klausimu nurodyta kurti Liaudies fronto masinį judėjimą, kuris palaikytų SSRS politiką ir stiprintų draugystę su ja. Bolševikai ir juos palaikančios jėgos turėjo kovoti su „anglų ir prancūzų karo kurstytojų palaikymu“.
Gerai suderinta žvalgybinė diplomatinė operacija Lietuvos ir kitų Baltijos šalių okupacijai pagrįsti ir įvykdyti pradėta 1940 m. pavasarį, kai, be kita ko, į Lietuvą buvo nusiųstos SSRS karinės žvalgybos grupės. Vienas iš žvalgybininkų, Anatolijus Guskovas atsiminimuose rašė, kad Maskvoje pasimokęs intensyviuose lietuvių kalbos kursuose su grupe kitų žvalgų nelegaliai kirto Lietuvos valstybinę sieną. Čekistinės grupės užduotis – „suteikti pagalbą lietuvių tautai įvesti sovietų valdžią Lietuvoje ir prijungti kraštą prie Sovietų Sąjungos“. A. Guskovas turėjo nepriekaištingai padirbtus Lietuvos saugumo departamento pareigūno dokumentus A. Gubaičio pavarde.
Lietuvos teritorijoje sovietų karo žvalgybininkų grupę pasitiko autobusas ir juos nuvežė į SSRS pasiuntinybę Kaune. Čia jie buvo aprengti vietinių žmonių drabužiais, ilgai ir išsamiai instruktuoti apie padėtį Lietuvoje. Kitą dieną visi čekistai išvyko į nurodytas vietas. A. Guskovas veikė Zarasuose. Jo užduotis buvo užmegzti ryšius su vietos bolševikais, nustatyti pavojingiausius „reakcingus buržuazinių partijų atstovus“, saugumo darbuotojus, išstudijuoti politinius procesus ir taip juos veikti, kad atėjus metui būtų galima nuversti „profašistinę santvarką“. Pagal išankstinį susitarimą Zarasuose A. Guskovas susirado vietos komunistą Kuzmą, kuris partijos nurodymu buvo įstojęs į tautininkų partiją. Minėto čekisto teigimu, partija buvo paskyrusi ir asmeninį sargybinį – Juozą Juraitį, kuris ištikimai jį saugojo ir visur lydėjo kaip šešėlis. A. Guskovas gyrėsi suradęs porą komunistų, užverbavęs aukštą policijos pareigūną ir, prasidėjus sovietinei okupacijai, suorganizavęs vietinę miliciją. Vėliau jis tapo NKVD Zarasų apskrities viršininku, o 1941 m. gegužės mėn. buvo perkeltas į Biržus.
Čekistinės grupės užduotis – „suteikti pagalbą lietuvių tautai įvesti sovietų valdžią Lietuvoje ir prijungti kraštą prie Sovietų Sąjungos“.
Apie A. Guskovą ir jo vadovavimą Zarasų NKVD savo atsiminimuose rašė tarpukario Lietuvos policininkas Stasys Juškėnas, po karo emigravęs į JAV. Pasak jo, A. Guskovas buvo lieknas, aukštas, iš pirmo žvilgsnio gana simpatiškas, tačiau iš tikrųjų – klastingas ir žiaurus žmogus. Puikiai išmanė minios psichologiją ir sugebėjo gudriai ja manipuliuoti. Per karą A. Guskovas dirbo kontržvalgybininku SSRS NKVD kovos su šnipinėjimu (Smert špionam – SMERŠ) padaliniuose Briansko ir Baltarusijos frontuose bei Čečėnijoje. 1944 m. vasarą jis kartu su III Baltarusijos frontu grįžo į Lietuvą, veikė Vilniuje ir Marijampolėje, karo pabaigoje – Karaliaučiuje. 1945 m. gegužės mėn. atšauktas iš Rytprūsių ir komandiruotas į Panevėžio apskritį kovoti su ginkluotu lietuvių pasipriešinimu, tačiau Lietuvoje ilgai neužsibuvo, nes buvo perkeltas į kitą tarnybos vietą.
1940 m. gegužės mėn. NKVD vadovybė įsakė Baltijos šalyse veikusiems šnipams I. Čičiajevui, S. Jermakovui ir J. Kravcovui atvykti į Maskvą. Jie asmeniškai informavo J. Staliną apie padėtį Baltijos valstybėse. Šis faktas du kartus paminėtas 1997 m. Maskvoje išleistame „Rusijos užsienio žvalgybos istorijos apybraižų“ trečiame tome – įvade ir 26 skyriuje (abiejų tekstų autorius O. Nažestkinas). Įvade rašoma: „Reikšmę, kurią sovietinė vyriausybė skyrė žvalgybinei Pabaltijo informacijai, rodo faktas, kad [...] iš Rygos į Maskvą [...] padaryti asmeninio pranešimo Stalinui buvo iškviesti [...] I. Čičiajevas, operatyviniai darbuotojai J. Kravcovas ir V. Jakovlevas, o iš Kauno – rezidentas S. Jermakovas.“ 26 skyriuje nurodoma, kad I. Čičiajevas buvo rezidentas Latvijoje, S. Jermakovas – Estijoje, o J. Kravcovas buvo rezidentūros Latvijoje darbuotojas.
Taip pat iš šios knygos sužinome, kad 1938–1939 m. rezidentas Kaune buvo Sergejus Roditelevas (rezidentas Romanas; Baltijos šalyse jis veikė Glebovo pavarde) ir kad iš Kauno į Maskvą jis buvo atšauktas dar iki Lenkijos žlugimo 1939 m. rudenį. Manytina, kad tokiame svarbiame susitikime su J. Stalinu kažkas turėjo informuoti ir apie padėtį Lietuvoje. Todėl neatmestina, kad S. Jermakovas kuravo ir sovietinės žvalgybos reikalus Lietuvoje ir tomis dienomis veikė Kaune.
SSRS radijo žvalgyba sekė Lietuvos užsienio reikalų ministeriją. Birželio 1 d. buvo perimta ministro Juozo Urbšio radiograma Lietuvos pasiuntiniams užsienyje.
1940 m. pavasarį sovietiniai šnipai suaktyvino veiklą Lietuvoje. Antai 1940 m. gegužės 17 d. rezidentūros darbuotojas „Saša“ susitiko su agronomu, būsimuoju „Liaudies vyriausybės“ ministru Matu Mickiu, kuris teikė politinę informaciją. Pokalbio pabaigoje M. Mickis „leido suprasti, kad norėtų padaryti ką nors reikšminga“, ir atsisveikindamas „tarsi tarp kitko pareiškė, kad reikalas yra ne mano ir ne jūsų, bet – bendras mūsų“.
Šaltinis „Anna“ „centrui“ pranešė, kad intensyviai pradėta bendrauti su Kauno apygardos prokuroro padėjėju Povilu Pakarkliu, kuris 1939 m. lankėsi Maskvoje, laikosi atvirų prosovietinių pažiūrų ir yra patekęs į didelę valdžios nemalonę. Minėtas šaltinis nurodė, kad gegužės 13 d. susitiko su P. Pakarkliu Panemunės miške, o paskui nuvažiavo į dar atokesnę miško vietą ir kad grįžtant į Kauną jie buvo lietuvių saugumo sekami. Atsisveikindami susitarė vėl susitikti, o dėl susitikimo datos P. Pakarklis turėjo pats paskambinti. „Anna“ prašė, kad siekiant patikrinti ir įvertinti P. Pakarklį, NKVD vadovybė leistų duoti lietuvių teisininkui specialią užduotį. Ją įvykdžius, tęsti bendradarbiavimą: „duoti instrukcijas dėl reikalingos politinės informacijos“. Kitame pranešime „Anna“ teigė, kad P. Pakarklis „gali būti naudingas“.
Gegužės 18 d. RA dalys iš Naujosios Vilnios dviem savaitėmis anksčiau, negu buvo sutarta, pradėjo keltis į Gaižiūnų poligoną, esantį šalia Kauno.
SSRS radijo žvalgyba sekė Lietuvos užsienio reikalų ministeriją. Birželio 1 d. buvo perimta ministro Juozo Urbšio radiograma Lietuvos pasiuntiniams užsienyje. Iš to, ką pavyko iššifruoti, Maskva sužinojo, kad Kaunas savo atstovams pranešė: „Jei čia mus ištiks katastrofa, [...] likusių užsienyje diplomatų šefu laikyti Stasį Lozoraitį, pirmuoju pavaduotoju – Petrą Klimą, antruoju – Jurgį Šaulį“.
Birželio 6 d. šaltinis „Senis“ Maskvai pateikė 26 lapų apimties žvalgybinės padėties vertinimą. Be kita ko, pateikta informacija apie pokalbį su VSD direktoriumi A. Povilaičiu, Generalinio štabo II skyriaus agentus, Vokietijos žvalgybą Lietuvoje. Pranešimas baigtas naujausių antisovietinių anekdotų apžvalga.
Kai lietuviai dar mėgino juokauti, Maskva vis labiau tyliai veržė kilpą paskutines nepriklausomybės dienas gyvenančiam kraštui.
Birželio 8 d. Lydoje įvyko slaptas Baltarusijos ypatingosios karinės apygardos pasitarimas, kuriame apygardos vado pavaduotojas gen. ltn. Fiodoras Kuznecovas (jis buvo ir XI armijos vadas) susirinkusiems vadams pranešė apie „galimus veiksmus prieš Lietuvą“. Iki birželio 12 d. buvo parengtas karinių veiksmų planas ir suformuluoti uždaviniai sovietų karinėms dalims.
Birželio 11 d. Baltarusijos ypatingosios karinės apygardos vadovybė išleido įsakymą paruošti desantą į Lietuvą. Tam buvo parengta 214-oji oro desanto brigada: nuleista Gaižiūnų geležinkelio stoties rajone, ji turėjo užimti oro uostą ir svarbiausius Kauno punktus.
Prieš pat įvesdama į Lietuvą sovietinę kariuomenę, Maskva pasiuntė į Kauną karinės žvalgybos darbuotoją N. Liachterevą su užduotimi neleisti sunaikinti svarbių Lietuvos generalinio štabo II skyriaus dokumentų. Kaip teigia Rusijos interneto portalo „Amžių paslaptys“ tinklaraštininkas slapyvardžiu Adminas, operacija pavyko. Ją įgyvendinti neva padėjo sovietinės žvalgybos agentas, dirbęs Lietuvos karinėje žvalgyboje.
