Trakų bažnyčia - dvasinis miesto centras, dydžiu ir svarba prilygęs pusiasalio ir salos pilies rūmams. 2007 metais bažnyčios išorėje ir viduje išdygo statybininkų pastoliai. Į šią sakralinę erdvę įžengė architektai, restauratoriai, menotyrininkai, antropologai ir archeologai. Bažnyčia buvo pasirengusi atskleisti pamirštą, nežinomą savo istoriją. Šventoriuje archeologinius tyrimus buvo numatyta atlikti dviejų metrų atstumu nuo pamatų, tačiau pradėjus darbus paaiškėjo, kad vietomis perkasas teks gerokai padidinti. Nuėmus velėną atsidengė architektūriniai elementai bei pirmieji palaidojimai. Dar vieną mįslę užminė bažnyčios kampe, prie dabartinės presbiterijos išorinės pamato sienos, aptiktas kapas. Kaip atrodė pirmoji, Vytauto Didžiojo statyta bažnyčia? Kokia buvo jos išorė ir vidus? Kaip amžiams bėgant keitėsi bažnyčios vaizdas? Atsakymai į šiuos klausimus daugelį metų buvo paslėpti po storu tinko, kalkių ir dažų sluoksniu. Rašytinės informacijos apie meistrus, tapiusius Trakų bažnyčią ir, kaip manoma, salos pilies menes, nerasta. Menotyrininkė Giedrė Mickūnaitė analogų ieškojo geografiškai ir kultūriškai artimoje aplinkoje. Hipotezę, jog Trakuose dirbo Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės stačiatikiškose žemėse amato išmokę meistrai, teko atmesti dėl šiaurės kraštams nebūdingos stilistikos. Paieškas perkėlus į pietus, artimiausių pavyzdžių pavyko surasti Serbijoje, 14 amžiaus antrojoje pusėje - 15 amžiaus pradžioje klestėjusioje Moravos mokyklos dailėje. Mūro studijos ir lyginamoji medžiaga leido hipotetiškai rekonstruoti ankstyviausius Trakų bažnyčios pastatus. Archeologinių tyrinėjimų metu bažnyčios šventoriuje ir presbiterijoje aptikti radiniai perduoti Lietuvos Nacionalinio muziejaus restauratoriams. Lietuvos mokslo tarybos globotas projektas subūrė specialistus, o jų dėka galima ne tik įsivaizduoti, bet ir išvysti kaip prieš 600 metų atrodė pirmosios Trakų bažnyčios vidus. Aptikus išlikusius tapybos ant sienų fragmentus, pavyko atkurti vaizdą, kurį išvysdavo prieš 600 metų bažnyčios durų slenkstį peržengę lankytojai. Bažnyčios istorijos ištakų galima būtų ieškoti Lietuvos mokslų akademijos Vrublevskių bibliotekoje. Greta kitų unikalių Lietuvos didžiosios kunigaikštystės kanceliarijos dokumentų saugomas ir kunigaikščio Vytauto fundacinės privilegijos nuorašas: 1409-ųjų metų gegužės 24 dieną, Naujuosiuose Trakuose įsteigta parapinė Švenčiausios Mergelės Marijos Apsilankymo ir Šventojo evangelisto Jono bažnyčia. 1600 - aisiais metais Tomas Makovskis Trakų panoramos piešinyje brėžia ir bažnyčios kontūrus. Tai yra vienintelis mūsų dienas iš praeities pasiekęs šio objekto atvaizdas. Savo 600 metų jubiliejų bažnyčia pasitiko įvilkta į naują rūbą. Paaukštintas stogas, skardinė danga pakeista čerpėmis, įrengti švieslangiai, bokštų viršūnes papuošė kaltiniai kryžiai. Tai Lietuvos kultūros istorijos paminklas menantis daugiasluoksnę mūsų praeitį ir saugantis unikalų Bažnyčios ir dailės paveldą.