Vienas žinomiausių ir tituluočiausių Lietuvos futbolo klubų.
Vilniaus „Žalgiris“ savo gyvavimo metus skaičiuoja nuo 1947 metų. Pradžioje klubas veikė po „Dinamo“ sporto draugijos vardu, vėliau tapo „Spartako“ draugijos dalimi.
1962 metais klubas tapo „Žalgirio“ sporto draugijos dalimi, o šis komandos pavadinimas išliko iki pat šių dienų.
SSRS futbolo aukščiausioje lygoje „Žalgiris“ iš viso žaidė 11 sezonų. Pirmasis buvo 1953 metais. Sėkmingiausias „Žalgiriui“ sovietinės okupacijos periodu buvo 1987 metų sezonas. Tuomet sostinės ekipa iškovojo bronzos medalius.
„Žalgiryje“ tuo metu žaidė garsiausi Lietuvos futbolininkai: Arminas Narbekovas, Valdas Ivanauskas, Vaclovas Jurkus, Sigitas Jakubauskas, Igoris Pankratjevas, Stasys Baranauskas, Viačiaslavas Sukristovas, Arvydas Janonis, Robertas Fridrikas, Algis Mackevičius ir kiti.
Komandą tą sezoną treniravo Lietuvos futbolo legenda Benjaminas Zelkevičius.
Po sėkmingo sezono „Žalgiris“ iškovojo teisę žaisti UEFA turnyrų atrankoje ir 1988 metais susitiko su Vienos „Austria“ futbolininkais, kuriems pralaimėjo bendru rezultatu 4:5.
Kitais metais žalgiriečiai UEFA taurėje eliminavo Geteborgo IFK klubą, bet kitame etape nusileido daugybę ryškių žaidėjų turėjusiam Jugoslavijos grandui Belgrado „Crvena Zvezda“.
Atgavus nepriklausomybę „Žalgiris“ pasitraukė iš SSRS čempionato. Per pirmąjį nepriklausomybės dešimtmetį „Žalgiris“ Lietuvos čempionais tapo 1991, 1992 ir 1999 metais. Šiuo laikotarpiu savo ryškias futbolininkų karjeras „Žalgiryje“ pradėjo Edgaras Jankauskas, Deividas Šemberas, Andrius Skerla, Rolandas Džiaukštas, Aurelijus Skarbalius, Tomas Žvirgždauskas.
Vėliau „Žalgiris“ vis rečiau lipdavo ant prizininkų pakylos, o galiausiai 2008 metais susidūrė su finansinėmis bėdomis.
2009 metais klubo aistruoliai norėdami išsaugoti klubo vardą įkūrė Vilniaus miesto futbolo draugiją (VMFD) „Žalgiris“, kuri tą sezoną varžėsi Pirmoje lygoje. 2010 metais klubas sugrįžo į A lygą ir užėmė 3-ą vietą.
Istorinis klubo tęstinumas buvo susigrąžintas 2014 metais.
2013 metais „Žalgiris“ tapo A lygos čempionais. Tą patį žalgiriečiai pakartojo 2014, 2015 ir 2016 metais. Vėliau „Žalgiris“ tris metus į priekį praleido Marijampolės „Sūduvą“. Po to „Žalgiris“ A lygoje triumfavo 2020, 2021, 2022 ir 2024 metais.
Iš viso „Žalgiris“ Lietuvos čempionu tapo 11 kartų.
2013 metais „Žalgiris“ UEFA Europos lygoje pasiekė ketvirtą atrankos etapą, o 2022 metais tapo pirmuoju Lietuvos klubu, kuris žaidė UEFA konferencijų lygos grupių etape.
Nuo 2021 metų „Žalgirį“ treniravo Vladimiras Čeburinas, o paskutinę 2025 metų rugpjūčio mėnesio dieną jo era klube oficialiai baigėsi.
Nuo 2025 metų rudens „Žalgirį“ treniruoja Rolandas Džiaukštas.