„Panevėžio“ klubas buvo įkurtas 2015 metais ir tą sezoną gavo teisę išimties tvarka žaisti Pirmoje lygoje. Joje „Panevėžys“ pirmajame sezone užėmė 8-ą vietą. 2018 metais „Panevėžys“ laimėjo Pirmą lygą ir įgijo teisę žaisti A lygoje.
Dvejus metus iš eilės 2019 ir 2020-aisiais „Panevėžys“ A lygoje finišavo penktas. Dar po metų užėmė ketvirtą vietą, o 2022-aisiais pirmą kartą klubo istorijoje tapo A lygos prizininkais ir iškovojo bronzos medalius.
2023 metais „Panevėžys“ tapo A lygos nugalėtojais.
„Panevėžys“ yra iškovojęs Lietuvos futbolo federacijos taurę 2020 metais, o 2021-aisiais į viršų kėlė LFF supertaurės trofėjų.
„Panevėžio“ klubas tris sykius žaidė UEFA konferencijų lygos atrankoje, o geriausiai pasirodė 2023-2024 metų sezone, kai įveikė pirmąjį atrankos etapą.
Šiuo metu klubą treniruoja specialistas iš Italijos Gino Lettieri.